Después de otra batalla con los TECHNOGANSTERS de DREGG, los TMNT regresan a su guarida con Carter. Dregg ahora tiene la ley de su lado. El TMNT escapó por poco de ser arrestado. Carter y las tortugas están hartos. ¡Están cansados ​​de la capacidad de Dregg de engañar a los humanos para que crean que él es su salvador! Después de desafiar a Dregg a un enfrentamiento final, se encuentran en el extremo perdedor. Solo que esta vez, sus nuevas mutaciones han sido capturadas en la película y ahora el mundo cree que los SuperTurtles son monstruos malvados y horribles. Sin que nadie lo supiera, el SLORR fue liberado de su incubadora y ahora falta. Entonces, mientras Carter trabaja en su Wrist Ray, las Tortugas viajaron al sitio de montaña de la nueva base de operaciones de Dregg: La Ciudadela. Tan pronto como llegan las tortugas, son atacadas y mutan en sus formas de súper tortuga. Dregg envía el REPLICON, un guerrero robótico detrás de ellos.